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获1996-2000年度香港求是杰出青年学者奖、局局建华绿交换2005年国家自然科学二等奖（排名第三）、2012年获何梁何利科技进步奖和2015年周光召基金会基础科学奖。长章研究成果分别获评2014年和2016年度中国十大科学进展。
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